Depuis les époques les plus reculées, l'homme aurait su masser les zones raides et douloureuses du corps : soin par les mains (Téaté). C'est en extrême orient, au fil des siècles que s'élabore un système de lignes et de points énergétiques qui sera ensuite enrichi et complété pour devenir la Médecine Traditionnelle Chinoise.
L'acupuncture et le shiatsu reposent sur cet antique système médical, notamment basé sur les écrits de L'empereur Jaune (Huang Ti) contenus dans le Nang-King (-500 av JC à + 200).

Mais si les traces les plus anciennes de thérapies manuelles remontent à des millénaires, les techniques fondamentales de la médecine traditionnelle chinoise s'exportent au Japon au VIe siècle sous le nom de Anma (ancien massage chinois). Comme beaucoup d'autres disciplines japonaises, le shiatsu qui se nommait alors Anma fut importé de Chine dans l'antiquité. Le Anma japonais est à la base de toutes formes de massage par acupression incluant les formes modernes du Shiatsu.

Pendant les siècles qui suivirent, les japonais intégrèrent le Anma à leur culture, élaborant, au passage, certaines techniques inédites.
Le renouveau de la médecine traditionnelle japonaise commença au début du XXe siècle. C'est à cette époque qu'apparut le terme Shiatsu (1920). En 1930, le Ministère de la Santé recensa officiellement 300 techniques thérapeutiques différentes, dont le shiatsu, qui se définissait déjà à l'époque comme une véritable philosophie de vie, mais dont le terme ne fut finalement déposé qu'en 1939.

Durant la Seconde Guerre Mondiale, l'occupation américaine imposa de force le système médical occidental au Japon tout en l'isolant de l'influence chinoise, compromettant ainsi le développement de la technique du shiatsu.
Après-guerre, le shiatsu bénéficia enfin d'une reconnaissance officielle du Ministère de la Santé japonais. Celui-ci définit en 1955 le shiatsu comme une forme de manipulation thérapeutique qui utilise seulement les pouces et les paumes des mains, sans aucun instrument mécanique, et qui applique une pression sur la peau humaine pour corriger un mauvais fonctionnement interne, maintenir la santé et traiter les maladies spécifiques. Le shiatsu apparut en France en 1970 et il fut reconnu comme Médecine non conventionnelle digne d'intérêt en 1997 en Europe.